Il C.U.S. Pavia nasce nel 1946 come organo periferico del C.U.S.I. (Centro Universitario Sportivo Italiano) costituitosi a Padova il 22 marzo dello stesso anno. Tuttavia lo sport universitario pavese vanta origini più remote.Le istituzioni preposte a coordinare l'attività sportiva universitaria pavese negli anni che precedono l'avvento del C.U.S. sono l'A.S.U.P., l'Associazione degli Studenti Universitari Pavesi, il G.U.F. (Gruppo Universitario Fascista), che subentra all'A.S.U.P. a partire dal 1927, e ancora L'A.S.U.P., rifondata nel luglio del '43 da Tino Cattaneo, Giuseppe Provasi, Alberto Gigli e Livio Cerri per colmare il vuoto organizzativo provocato dalla scomparsa del G.U.F.I presidenti che si susseguono nei primi vent'anni di vita del C.U.S. Pavia (Montemartini 1946-49, Nosotti 1949-50, Taveggia 1950-51, Rusconi 1951-67) organizzano e coordinano l'attività sportiva degli studenti dell'ateneo pavese tra mille difficoltà dovute a ristrettezze finanziarie e ad una cronica carenza di impianti propri e attrezzature. In questa prima fase il C.U.S. svolge l'attività sportiva presso lo Stadio Comunale, il Palazzetto dello sport di via Porta e la Casa dello Studente. Nonostante le difficoltà, i risultati agonistici non tardano ad arrivare; gli studenti pavesi si dimostrano competitivi a livello locale e nazionale.Sotto la presidenza Setti (1967-68) e Lanfranconi (1968-74) il C.U.S. Pavia entra in una nuova fase caratterizzata da una più efficiente razionalizzazione delle attività sportive e dalle prime importanti realizzazioni impiantistiche.

1970: inaugurazione del capannone di Canoa-Canottaggio in via Folla di Sotto;
1971: inaugurazione della sede sociale in via Strada Nuova;
1972: inaugurazione del campo di Rugby al Cravino.
I due successivi presidenti, Francantonio Bertè (1974-86) e Sandro Meloni (1987-2003), proseguono la politica di sviluppo e di espansione del C.U.S. pavese.
1978: inaugurazione della nuova sede sociale in Via Taramelli;
1981: inaugurazione del raddoppio dell'impianto di Canoa-Canottaggio;
1981: costituzione del College Remiero Universitario;
1984: inaugurazione dell'Impianto Polisportivo Cravino in via Bassi;
1988: inaugurazione del nuovo campo all'aperto di Tiro con l'Arco;
1995: inaugurazione della nuova ala dell'Impianto Polisportivo Cravino e dell'attuale sede sociale annessa a tale impianto;
1996: inaugurazione della sala scherma e del campo di calcetto.

Nel 2002 il C.U.S.I. si trasforma in Federazione dei C.U.S. e conseguentemente anche questi ultimi devono darsi una nuova forma giuridica. Per questo nel 2003 si procede alla ricostituzione del C.U.S. Pavia sotto la nuova forma di "Associazione Sportiva Dilettantistica" federata al C.U.S.I., ma nel contempo completamente autonoma e dotata di un proprio Statuto. Il 18 febbraio 2004 il C.U.S. Pavia ottiene l'iscrizione nel Registro Regionale delle Persone Giuridiche. All'espansione strutturale di questi ultimi trent'anni si accompagna una forte crescita qualitativa degli agonisti cussini. Innumerevoli sono i successi riportati dagli atleti del C.U.S. Pavia in Italia e all'estero. Notevole è anche il numero di coloro che, nel corso degli anni, sono entrati a far parte della nazionale italiana conquistando con essa risultati sempre più prestigiosi. Oggi i 2.400 soci del C.U.S. Pavia possono contare su moderni ed efficienti impianti per la pratica di svariate discipline sportive o, grazie alla presenza di oltre 30 tecnici, partecipare a tornei e corsi stagionali.